性质不同：1、膜转运蛋白：或是大的跨膜分子复合物，一种不同的运输蛋白机制。2、载体蛋白：多回旋折叠的跨膜蛋白质，它与被传递的分子特异结合使其越过质膜。

机制不同

1、膜转运蛋白：参与被动运输(促进扩散)或主动运输(运输泵)。参与促进扩散的膜运输蛋白虽然没有酶活性，但是具有酶催化的特点。

2、载体蛋白：载体蛋白分子的构象可逆地变化，与被转运分子的亲和力随之改变而将分子传递过去。