最后小哀（雪莉）为了救柯南死了，她把她配制的药丸给了他。柯南（新一）说：“你真傻，解药可以再配的”小哀对着柯南笑了一下，就死去了。柯南吃了药丸变回了原来模样工藤新一。黑暗组织最终成为泡影，走向失败。黑暗组织头领其实就是埋伏在他们身边的阿笠博士，博士想拿新一做实验，完成他的帝婴计划。后来，所以人都知道新一的身份了。

少年侦探队和柯南告别，步美说：“再见了，柯南同学，我们会想你的。”毛利小五郎的推理技术也大有进步，新一终于完成了心愿。实现了自己的诺言，和小兰在一起。他们举办婚礼时，突然有个人慌慌张张的跑进来，说：“广场上死人了！”新一，小兰立刻跑出去，果然有个人躺在血泊中。这时，园子突然哈哈大笑，原来这是大伙弄得一场闹剧。从此，新兰永恒~